南开大学孙亚民：奥密克戎疑似宿主出现，未来要防动物传人官网

南开大学孙亚民：奥米克隆成为疑似宿主。将来，应该防止它通过动物传播。它在多国引发了一波近乎垂直的新增病例浪潮，并迅速取代德尔塔病毒成为全球最主要的疫情毒株，防疫格局也随之发生变化。

世界卫生组织（世卫组织）将Omicron列为第五个“VOC”。2022年11月27日，奥美康进入中国香港；2022年12月9日，变异毒株首次登陆中国大陆。

近期，全国多地出现聚集性感染或跨省传播病例。

但在横冲直撞的背后，奥米克隆的身世仍是一个谜。近日，中国疾病预防控制中心徐建国学者团队和南开大学公共卫生与健康研究所孙亚民教授团队发表了题为《奥密克戎SARS-CoV-2变种SARS-CoV的起源与进化分析》（2奥地利微米）的论文。

研究团队发现，Omicron并不是从Delta进化而来，而是形成了单系的谱系，它是gamma变体系统的姐妹群，但具有更长的分支。有迹象表明，奥米克隆可能正在悄悄地发展和进化成一个非人类物种。在这方面，

研究团队比较了小鼠适应株和奥米克隆株的突变谱，得出结论：奥米克隆病毒株可能起源于小鼠，在小鼠宿主中进化，然后重新引入人类。

新冠肺炎疫情两年后，人们正在努力防止这一流行病。如果是“动物传播”，无疑是雪上加霜。这项研究的结果可以帮助预测和预防未来危险变种的出现。

就此，本文（www.thepaper.cn）采访了孙亚民教授，他试图走近神秘的奥米克隆，探索下一步的防疫之路。孙亚民表示，动物强大的繁殖能力非常适合病毒的发展。通过人类接触，病毒“溢出”到各处。

这将进一步增加新冠肺炎的多样性和不可预测性。未来要防止人传人、动物传人甚至动物传人。

中国疾病预防控制中心徐建国学术团队和南开大学公共卫生与健康研究所孙亚民教授团队发表了题为《奥密克戎SARS-CoV-2变种的起源与演化分析》的研究论文。

锁定鼠标

《华尔街日报》:长期以来，人们一直声称新冠肺炎病毒可能是“动物传人”，并且已经出现了动物感染新冠肺炎病毒的病例。截至2022年12月底，OIE记录了625起水貂和鹿等动物的新冠肺炎疫情。

你和你的团队抓住了什么机会像老鼠一样封锁了研究设施？

孙亚民：新冠肺炎的动物感染主要始于2022年4月。当时，该突变株在刺突蛋白受体结合域（RBD）中出现了一个关键而重要的突变，被称为“N501Y”。

这种突变给了新冠肺炎“广泛宿主”的灵活性，可以感染猫、老虎、水貂和其他啮齿动物和猫。

但是，动物感染、造成动物传播的可能性和造成人类传播的可能性是三个完全不同的概念。

先前的大量研究表明，许多动物被感染后，病毒在动物体内繁殖的能力不强，病毒载量达不到引起群内传播或传播到其他动物和人类的能力，我们也可以利用现有的检测方法充分发现它。

去年11月，世界卫生组织将奥米克隆列为全球关注的五种变异毒株之一后，我们对这种病毒进行了深入分析和研究，发现它与其他变异毒株有许多不同之处。

例如，它有许多突变位点。对于新冠肺炎的正常进化来说，突变累积率是一个固定值——，同时分离出的不同品种的突变数量一般是差不多的。

然而，当我们计算五个HOS菌株的平均突变数时，我们发现Omicron菌株的突变数明显高于其他品种，尤其是在受体刺突蛋白结合域（RBD）中，其中的突变数不仅数量大，而且非常集中。因此，我们当时怀疑，

这种冠状病毒很可能面临很高的“选择压力”，并存在宿主转化的可能性。

当时，我们就奥米克隆的起源问题咨询了中国疾病预防控制中心徐建国院士，他也是本文的通讯作者。徐建国院士在国内提出了“反向病因”的概念。它对传染病的来源和传播极为敏感。徐教授认为，

奥米克隆可能起源于一种“接近人类生活”的动物，在群体中进化，然后返回人类。

在他的指导下，我们查阅了大量文献，获取了基因组序列进行比较研究，并寻找证据。

在这个过程中，我们发现奥米克隆有一个不寻常的关键突变位置。然后我们开始研究哪些动物更容易发生这些突变，或者在什么情况下发生突变，并逐渐锁定了小鼠。“小鼠突变的缓慢积累会逆转传播吗？“

投稿：能否对论文中的“关键突变位点”等研究成果进行扩展？

孙亚民：通过对13个小鼠适应株与Omicron版本的关键突变进行比较，我们发现Omicron版本中S病毒蛋白的5个关键位点存在——K417、E484、Q493、Q498和N501的突变。其中，

Q493和Q498的突变与动物感染有关。突变体Q493K和Q498H对mACE2的亲和力显著增加。

另一种也在这五个位点发生突变的菌株被称为“IA-501Y-MA-30菌株”，它是在IA-501Y菌株传30代后从小鼠肺中获得的。从样本中获取。这个突变谱表明病毒已经适应感染小鼠细胞，

它进一步支持了姚变种可能是从小鼠宿主进化而来的论点，或者至少是从与小鼠数量相似的啮齿动物进化而来的论点。

在适应奥米克隆和小鼠的SARS-COV-2毒株中有五个关键突变。

此外，我们还对HOS和VOI进行了系统发育分析，并将Omicron置于整个系统发育树的框架中，进一步揭示了突变体的特异性。

新冠肺炎的数据库中有600万个基因组，记录了病毒的出现、发展和进化。但是当我们进行比较时，系统进化树并没有显示出进化的中间分支，这是一个非常令人惊讶的结果。

如果奥米克隆是从AY.4、AY.23或AY.46（欧洲、亚洲和非洲的主要变种）等Delta毒株进化而来的，那么这种突变将具有这两个特征，但奥米克隆没有。与这些物种的相似性，

说明奥米克隆不是从三角洲演化而来，而是形成了一个单系类群。我们发现姚谱系是谱系的姊妹群，但其分支更长。

时空系统进化树显示，2022年上半年，瑶族谱系与伽马谱系发生分化，表明瑶族谱系可能已经开始向非人类谱系演变。经过一年多的“沉默”，奥米克隆在小鼠身上慢慢积累了突变，然后，也许是偶然的，

把它们转移回人类体内。

长期以来，有一种假说认为奥米克隆是在免疫功能低下的个体中形成的，例如长期接受化疗的患者，或经历慢性感染并长期发展的HIV患者，使他携带大量罕见突变。

这种假设有一定的依据和可能性。但是，我们认为，如果病毒在人体内长期发展，考虑到病毒的特性，它将倾向于向有利于繁殖和生存的方向发展，而不是向更容易传播的方向发展。那么有人可能会问，

为什么艾滋病不会在群体间传播？因为如果它在患者之间传播，超过一年不被发现的概率非常小。

因此，我们认为奥米克隆更有可能来自非人类群体而不是个人。

BA.2亚型毒株可能取代Omicron成为新的主流毒株。

论文：最近，Omicron（ba . 1）有两个亚种BA.2和BA.3，它们被称为“三姐妹”。BA.2由于传播速度更快、毒力更强，正在或将取代BA.1成为优势毒株。目前，英国、丹麦等国的感染人数急剧上升。

根据您之前对小鼠的研究，BA.2和BA.3亚型的传播和变异趋势如何？

孙亚民：病毒在不断进化，奥米克隆不会是最后一个变异病毒。

我们最近的研究表明，奥米克隆中的“三姐妹”在关键部位有许多共同的突变，可以推断这是同一个群体。BA.2和ba.3之间有许多相似的特定突变。

同时，这三种变体之间单核苷酸多态性（SNP）的数量和分化意味着它们可能处于不同的进化时间节点，并以不同的顺序出现。根据我们的分析，Omicron可能被感染并在特定地区或区域的不同小鼠种群之间来回进化。

形成了新的亚型。

据丹麦、英国等国研究，BA.2亚型毒株的传染性比奥密克戎突变毒株高1.5倍，感染速度更快。他有可能取代奥密克戎，成为新的主线。

从突变位点来看，BA.2亚型蛋白S与奥密克戎相比，有更多重要的突变位点，如T376A、R574S等，这些突变位点与传递能力有一定关系，需要进行研究。进一步研究。

未来，我们要保护自己，免受人类传人、动物传人、甚至动物传人的侵害

贡献：该贡献强调研究人员应重点关注从野生动物（尤其是啮齿动物）中分离出的SARS-CoV-2突变株。如果奥密克戎在老鼠宿主中进化后传回人类，鉴于目前缺乏预防动物疫情的方法和经验，

您认为其在非人类宿主中传播会影响疫情防控吗？它带来了哪些新的挑战？

孙亚民：如果奥密克戎找到野生宿主，特别是啮齿动物等数量众多的自然宿主，那么从人类生活中彻底根除新冠的可能性就会越来越小。

动物强大的繁殖能力非常适合病毒的发展。通过与人类的接触，病毒到处“泄漏”，这将进一步增加新冠病毒的多样性和不可预测性。

未来我们要防止人类传人、动物传人、甚至动物传人。奥米克隆在上呼吸道的病毒载量较高，对物体的污染也比其他类型的病毒高，所以存在“传人材料”的情况，但概率还是比较低的，因为在非低温的情况下在环境中，

病毒的存活率会随着时间的推移而降低，难以满足传染性病毒数量的要求。

但最近在中国香港，报道了世界上首例宠物仓鼠将新型冠状病毒传播给人类的病例，这是非常不寻常的。当病毒潜伏在与人亲近的宠物身上时，是一件非常危险的事情。

当奥密克戎出现后，动态清理的压力比以往任何时候都大。动物传人对下一阶段的防疫政策和方法提出了重大挑战。

对于进口产品和动物，必须做好检验检疫工作。在国内奥密克戎疫情发生地区，要做好疫区环境监测和动物检疫工作，特别是对与人类密切接触的动物的监测，以及对未报告不明原因病例的跟踪调查。需要加强。

清理病人不容易，疫区“净化环境”更难。

美国科学家对环境和动物的监测，值得学习和思考。我们在论文中还提到，2022年7月发表的一项针对纽约市污水样本的研究表明，Q498突变早已在大量生活在纽约市污水中的动物宿主体内积累。

研究人员还讨论了SARS-CoV-2在非人类动物宿主之间传播的可能性，这具有启发性。

投稿：您认为，根据我国的防疫政策，未来活体动物与人类的关系将如何规范？

孙亚民：首先，我们需要加强动物微生物学研究和动物体内新冠病毒的检测。既然奥密克戎可以在啮齿动物身上繁殖，那么流行病发生的地方一般都应该非常小心，防止奥密克戎从病人传染给当地的啮齿动物。

当出现“动物传人”的情况时，我们的第一反应不应该是直接大规模屠杀，而是学会更好地对待动物，尤其是宠物与人类的关系。

事实上，动物感染分为几个层次和阶段。绝大多数动物携带各种病毒，可以通过技术手段检测到，但不一定具备将病毒传播给人类的能力。

我觉得接下来的研究可能是动物宿主和动物感染的方向。比如动物自身的免疫系统能否慢慢清除病毒等问题值得关注。

澎湃新闻：您认为动物研究和分析可以为COVID-19潜在治疗药物和疫苗的开发带来什么？

孙亚民：目前，新冠疫苗和药物正在朝着广谱、预防感染、减少重症和死亡方向发展。根据奥密克戎的特点，未来可以开发它来保护特殊人群免受感染，特别是老年人和免疫力低下的人。随着新冠病毒感染动物的能力不断增强，

动物疫苗研究需谨慎行事。

事实上，动物疫苗已被许多国家提上议事日程。例如：美国兽药公司硕腾公司也在研究针对水貂和家畜的新冠疫苗。因此，

评估动物（尤其是与人类生命密切相关的动物）对新型冠状病毒的易感性、动物群体中的传播率、识别高危动物群体至关重要。

澎湃新闻：您的团队有哪些新的研究方向和计划？

孙亚民：新冠病毒出现已经两年了，公共数据库中积累了庞大的病毒基因组。我们计划近期对新冠病毒的变异和发展进行总结，比如其核酸和碱基突变类型的发展趋势。

同时，我们将把研究重点放在没有突变的位点上。两年来，新冠病毒群几乎所有位点都发生了突变并被记录，表明该群的突变“几近饱和”。

从外观上看，新型冠状病毒的感染重点已从下呼吸道转移到上呼吸道。而奥密克戎的所有特点都可以归结为它在上呼吸道的繁殖速度更快，可以消灭下呼吸道感染的病毒，因此在传播和选择上更具优势。

因此，我们也会把研究重点放在没有突变的位点上，观察这些位点是否会影响病毒的存活和传播速度，这对于研究新冠病毒基因的功能和结构非常重要。